本片以南京大屠杀这场浩劫为背景，讲述了一群普通的南京民众，一群手无寸铁的男人和女人，在这个城市历史上最为严酷寒冷的四十九日里，在不见天日的民族危亡之际，勇敢地同仇敌忾，共赴国难，互救自救，奋起抗争的感人故事。故事发生在1937年12月，日本军官(文章 饰)黑岩大佐跟随先头部队进入了沦陷的南京城，他接受的任务是掩埋销洗约五万中国士兵的尸体，但他很快就发现，死亡平民的数量远远超过了预期。此时，在南京圣玛德伦教堂里，来了两拨不速之客，以书娟为首的女学生和以玉墨(小宋佳 饰)(宋佳 饰)为首的烟花女，让英格玛神父和法比(张嘉译 饰)感到为难，她们殊途同归只因为一件事，逃难。接着，更多的人从四面八方逃入了教堂，其中包括青年少校戴涛(胡歌 饰)，老兵李全有(黄品沅 饰)和新兵王浦生(马浩博 饰)。他们的到来，彻底打破了教堂的平静。 为了隐藏罪证，黑岩大佐在南京寻找最符合大规模填埋尸体的地点，而最后找到的地方，正是圣玛德伦教堂的后院。教堂也无法保全这些女人的性命了。于是，在教堂中活着的这些男人们，勇敢地站起来，一次次拼死换来了珍贵的水、粮食、医药和逃生的机会，用生命保护着藏在教堂中的女人们，直至最后的牺牲。而在男人们杀身成仁之后，女人们避无可避，她们或者进行了最壮烈地抵抗，或者选择了有尊严地死去。这就是在1937年四十九日里发生过的故事，一个有关浩劫的故事，一个记录屠戮的故事，一个从来没有被遗忘，也绝不该被遗忘的故事。
